1. Не думайте, что установка линукса решит все Ваши проблемы (Если ОС линукс, то это не значит что ддос атаки не пройдут). Вообще для начиающих рекомендуют Ubuntu (я лично Debian юзаю (сам пока разбираюсь) и меня все в нем устраивает)
2. Нет. Нужно будет ставить все необходимые компоненты отдельно.
3. Для линукса ядро нужно компилить на линуксе, для винды - на винде. А так исходники и база одинаковые
4. Странный вопрос. Компиляция
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%...86%D0%B8%D1%8F в двух словах - процесс создания ядра котового для запуска из исходного кода
Если под скриптами Вы имеете ввиду патчи. то через гит коммандой
patch -p1 < name.patch
Это точно много где написано
6. Самому смотреть код, читать форумы (на getmangos.ru была уйма полезной инфы, сейчас кое-что можно посмотреть на форуме базы (там раздел есть) ytdb.ru
7. Конечно. Админы (не школьники) серверов, расчитанных не на 10 человек, так и делают. Некоторые даже ядро и базу на разные машины.