[Milldi]

скорее всего у тебя неоптимальное распределение памяти и много мусора в системе.
попробуй поставить серверу отдельную операционку, и мускул с явой и необходимые драйвера. Поотключай все что ненужно(службы) посмотри занимаемую память, посмотри в конфигурации мускула размер кеша, теперь суммируй их и отнеми от количества оперативы что у тебя имеется. из того что осталось вычитай объем занимаемый сервером если отрицательное значение получаешь умножый его на 2 и делай таким файл подкачки. Слишком большой файл подкачки для сервера зло. Приоритет для процессов ява и мускула ставь реального времени.