Как я вас понимаю, сам мучился с данной проблемой. Так как я стример, все ВОДы записываются именно в формате .flv и я лично для себя нашел программку Xilisoft Video Converter. Так куча конвертаций от аудио и до видео (PC,Apple,PS3,Android и т.д.)
Скрин 1
Скрин 2