[Milldi]

Скорее всего система пытается остановить какую(ие) то службу(ы).
При этом идут сохранения данных на жесткий диск.
Либо иногда бывает что некоторые процессы после выключения остаются в памяти и система сначала их выгружает.

Я обычно как такое начинается просто переустанвливаю систему и настраиваю ее снова.
Правда раз в месяц напрягает но зато не тормозит.