Для проектов, в которых транзакции не имеют смысла (типа л2, айон ....) лучше использовать MyIsam.
Если вам хочется большей устойчивости (потенциальной) то InnoDB для вас.
Не нужно себя успокаивать что мол транзакционный - в Л2 нет вообще мест требующих транзакций как таковых, достаточную изоляцию и целостность в разрезе таблицы MyIsam обеспечивают также хорошо как и InnoDB.
Настроить и один и другой движок можно хорошо для вполне приемлемой скорости работы под конкретные задачи.
Лично я не вижу критичных причин использовать InnoDB для Л2-сервера - но тем не менее для любителей - почему бы нет)
Все что я пишу, это даже не спорный вопрос - все это есть в мануале и практике с этими движками MySQL - кто хочет почитать об это - читайте
мануалы.