Частично ответы про IDE найдете здесь:
http://forum.zone-game.info/showthread.php?t=14520
Хотя, чувство, что где-то был поинтереснее топик на эту тему.
Честно говоря, надо такие вопросы приравнивать к разжиганию холиваров. Каждому нравится своя IDE - кому-то NetBeans, кому-то - Eclipse, кому-то - IDEA, а кому-то - Noetpad++
Сказать, что у каждой есть свои определенные плюсы - не сказать ничего. Лично для меня IDEA очень быстро стала лидером, равно как и PhpStrorm, равно как и PyCharm (производитель сред тот же).
Версии очень хорошо отслеживаются с помощью SVN и ревизий. Кэп
Как, чего и куда приходит с опытом. Ковыряйтесь, исследуйте, исправляйте, добавляйте и постепенно вникните в большинство нюансов. Если Вас интересует, где находятся, например, хэндлеры скиллов или эффектов и прочие вопросы, то гайдов сможете в поиске найти уйму.