отбекапь чаров и всё-таки перезалей базы.(это не так уж долго
) У меня такая фигня с NPC была, упорно не хотели скилы давать. Покопавшись выяснил, что просто криво базы поставил. Если не закидываются автоматом - вставь ручками.
Как вариант - можно только нерабочих NPC перезалить.