pkgrm, нет?
Когда удалял пакеты раньше, проблем таковых не было. Возможно там что то на правах крутится, т.е. можно еще докрутить "pkgrm -a".
UPD: Посмотрел, в новой "pkg uinstall", а зависимости -
http://docs.oracle.com/cd/E23824_01/...html#scrolltoc