Когда-то аналогичное здесь уже обсуждали. Я бы начал с проверки autocommit, он может быть отключен пулом.
Лыжы обычно не пользуются механизмом транзакций (посему autocommit необходим), но не берусь твердить что никто их не применял.
Экспериментально повторить такой косяк вручную не составит труда.
Выполняем эти запросы
в разных сессиях и во второй по таймауту получаем 1205 ошибку.
Код:
SET autocommit = 0;
UPDATE `items` SET `count`=`count`+1 WHERE `item_id` = 57;