Не очень бы хотелось цеплять к нативу JVM. Если бы все было так просто, то я бы заюзал бы ffmpeg, как библиотеку в проекте
stimeout не подходит по причине того, что я реэнкожу не web-поток. А поднимать дополнительное звено, это будет слишком.
Вроде бы решил проблему, методом еще большего костыля (зато реэнкод происходит, бгг), но пока еще не тестировал. Если после тестирования все будет гладко, то отпишу решение проблемы.