[PROGRAMMATOR]

  <system.data>
    <DbProviderFactories>
      <remove invariant="MySql.Data.MySqlClient" />
      <add name="MySQL Data Provider" invariant="MySql.Data.MySqlClient" description=".Net Framework Data Provider for MySQL" type="MySql.Data.MySqlClient.MySqlClientFactory, MySql.Data, Version=6.9.9.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=c5687fc88969c44d" />
    </DbProviderFactories>
  </system.data>
 
Code: XML

Или просто удали EF, сотри с конфига все упоминания о нём, и поставь с нуля через Nuget.

Ставится только MySql.Data.Entity. Зависимости оно само тянет.