У вас таймауты и кипалайв неверно настроены на сервере и/или базе. Значения должны совпадать в БД и на сервере (либо в БД должны быть больше). А еще у вас транзакции не коммитятся в базу
Обновите mysql jdbc коннектор в сервере до требуемой версии mysql.