Ну надо же!
всё не так, это ж умудриться надо чтоб так извратить простое изложение. Не надо при каждом обновлении заливать все таблицы заново. Они там уже и так есть, заливай только обновлённые, исправленные или новые. При смене мускула делай так, выгрузи всю базу целиком(такая возможность у навиката, да у любого другого менеджера тоже есть). установи денвер или вертриго или что ты хочешь а потом залей базу в мускул. И играйся себе на здоровье!