Исходники- это то что у тебя до компиляции. Пример:
механические часы до сборки просто набор шестерёнок, пружинок и фиксаторов. Потом сборщик собирает часы, и они начинают работать.
В сервере тот же принцип. Сперва есть куча скриптов написанных на нашей дорогой и любимой Джаве(Шестерёнки, пружины, фиксаторы). После с помощью Анта(Это руки сборщика) и не больших изменений в его коде(Мозги сборщика) мы компилируем сервер(Собираем наши часы). Дальше всё работает. Так вот, до компиляции мы можем настраивать сервер под себя в тех местах и таких параметрах, которые после компиляции нельзя изменить. Это всё рассказываться
тут и
тут.
Думаю пояснил достаточно просто и понятно.