[Shema]

1. Ставишь чистый сервер
2. Ставишь новую базу
3. Сохранив таблицы отдельно со своей старой базы
4. Проверяешь работает у тебя сервер
если все норм, то
5. Добавляешь патчи которые тебе нужны, но при этом проверяешь как они работают, не выдают ли они ошибку.
Закончив с сервером переходишь БД
6. Добавляешь свои старые таблицы

Ну и тут должно наступить счастье)))