Обновление IpTables

[Deron]

Я сохранял, потом ввел в rc.local
/sbin/iptables-restore /etc/rules
После рестарта iptables правила действуют 2 минуты.

[ReaM]

точно переставляли систему и ставили ли новый пароль?

такое чувство что вам бэкдор закинули и правила сбрасываются по крону злоумышленником чтобы он смог приконнектится всегда

[Bupyc]

Даешь по крону /sbin/iptables-restore /etc/rules раз в минуту

[oggway]

Проверьте крон, если веб сервер стоит на этойже машине то попробуйте файлы на веб сервере проверить ClamAV он очень хорошо ловит шелы. Когда пользовался линуксами несталкивался с такими проблемами ниразу... правда это было давно)
Правила даже когда вводил вручную, либо с конфигурационого файла работало нормально.