ps -ef | grep (твой sh - к примеру
ps -ef | grep GameServer (не обязательно писать все в плоть до .sh))
После грепа появляется процесс
потом просто kill (сам процесс явы) & kill (сам процесс Sh ника)
Если не долбанеш 2 процесса , сервер будет стартовать постоянно или просто уже по человечески не найдешь процесс и придется килять процессы явы на угад.
Выглядит это примерно вот так (в этом примере я убиваю процесс Логин сервера) :
А вообще просто в гугле вбей
CLI Guide и почитай , довольно много полезной инфы найдешь по работе с командной строкой.