После декомпиляции class-файлов исходники попросту сильно портятся, и сомнительно использовать их повторно.
Наилучший вариант - использовать файл с другого проекта, основываясь на декомпилированном файле делать исходник по аналогии.
Далее необходимо скомпилировать файл java (измененный исходник по аналогии с декомпилированным файлом) таким способом:
Код:
javac -classpath Build.jar -source 1.5 -target 1.5 -Xlint:unchecked SampleClass.java
При этом должны существовать файлы:
Build.jar - твоя сборка
SampleClass.java - измененный исходник
Если все пройдет удачно, создадутся файлы *.class, которые необходимо запихнуть в сборку, как обычные файлы в архив. Например через Total Commander.