Пользовался в своих проектах IonCube - хорошая вещь, однако deIonCube кое-как, но всеже, вскрывает бОльшую часть кода.
Один у них всех большой недостаток - свои проекты на Symfony Framework закодировать нельзя
(из-за хранения метаданных используемых в рантайме в текстовом виде).