Вот запрос для удаления скилов ( если их не много ) :
Код:
DELETE FROM `character_skills` WHERE `skill_id` IN (скилы, которые, удалить);
А вот если удалять очень многие :
Код:
DELETE FROM `character_skills` WHERE `skill_id` NOT IN (скилы, которые, оставить);
PS: правда эти запросы удалят скилы у всех, а не только у тех у кого ты что-то менял.