А как же вы будете обновляться или делать откат без этих файлов? Да и если компилируете сборку, то .svn файлы игнорируются и не добавляются в проект. Если все же нужно удалить их, то сделайте батник с кодом:
И запустить его в нужном проекте. Не проверял именно на свн, но так я удаляю логи на ПТС сервере во всех директориях.